اما در این باره گفتنی هایی است:
1. از همان روزی که رییس جمهور در نامه به مجلس، از محمود نیلی احمدآبادی به عنوان گزینه پیشنهادی دولت برای تصدی وزارت علوم خبر داد، می شد حدس زد که آقای روحانی گزینه قابل اطمینانی برای کسب رای اعتماد نمایندگان معرفی نکرده است چرا که بررسی سوابق و مواضع نیلی به خوبی نشان می داد وی یکی از نزدیک ترین چهره ها به رضا فرجی داناست و اگر مجلس چندی قبل فرجی دانا را به خاطر مواضع و عملکرد پرحاشیه اش استیضاح کرده بود، قاعدتا نباید به یکی از نزدیک ترین چهره ها به وزیر استیضاح شده مجددا اعتماد می کرد زیرا در این صورت عملا از سوی مجلس نقض غرض صورت می گرفت. لذا این اتفاق نیفتاد و محمود نیلی با رای معنادار 160 رای مخالف در برابر تنها 79 رای موافق، حتی نتوانست به اندازه نیمی از آرای مخالف خود رای مثبت کسب کند؛ چنانچه چندی قبل نیز یکی از نمایندگان تاکید کرده بود: «اگر 10 نفر دیگر هم مثل فرجی دانا معرفی شوند، رای اعتماد نخواهند گرفت.»
2. با این تفاسیر، چرا رییس جمهور فردی مانند محمود نیلی را به عنوان وزیر پیشنهادی علوم به مجلس معرفی کرد؟
برای پاسخ به این سوال باید مد نظر داشت که نمی توان از اقدام رییس جمهور بابت معرفی نیلی «نیت خوانی» کرد اما با توجه به برخی قرائن و شواهد به نظر می رسد از ابتدا هم قرار نبود گزینه پیشنهادی دولت، از سوی مجلس رای اعتماد بگیرد و به بیان دیگر، اداره وزارت علوم بدون وزیر و با حضور یک «سرپرست» برای رییس جمهور مطلوب تر است زیرا در این صورت حساسیت و نظارت کمتری از سوی مجلس به اقدامات وزارت علوم وجود خواهد داشت و فرد سرپرست وزارتخانه با این توجیه که به طور موقت به کار خود ادامه می دهد، حتی می تواند در برخی مواقع با ملاحظات کمتری نسبت به یک وزیر تصمیم گیری کند.
3. در شرایط کنونی که همچنان بسیاری از وعده های سیاسی دولت به بخشی از هوادارانش از جمله اصلاح طلبان تندرو اجرایی نشده و این طیف روز به روز بر فشار خود به دولت برای اجرای وعده های انتخاباتی اش در این زمینه پافشاری می کند، اصرار رییس جمهور بر سپردن مدیریت وزارت علوم به چهره های نزدیک به این طیف خاص، یکی از روش هایی است که می تواند برای آرام کردن آنها موثر باشد.
در واقع خود آقای رییس جمهور نیز به خوبی می داند در شرایط کنونی امکان عملیاتی نمودن بسیاری از وعده های سیاسی را ندارد، پس چه بهتر که در ظاهر هم که شده بر سپردن مدیریت وزارت علوم به برخی چهره های خاص اصرار کند تا اگر این اتفاق افتاد، بخشی از حامیان دولت امیدوارانه به آینده نگاه کنند و اگر هم این اتفاق نیفتاد -که عدم اعتماد به مجلس به نیلی این گزاره را تایید کرد-، رییس جمهور با دستی پر با حامیانش درد و دل کند که فعلا حتی نمی تواند یک وزیر همسو با دولت را راهی وزارت علوم کند چه رسد به انجام وعده های بزرگتر!
4. ادامه کشمکش های دولت و مجلس بر سر تعیین وزیر علوم از ابعاد دیگری نیز می تواند در دراز مدت به سود دولت باشد، از جمله اینکه در افکار عمومی توپ بسیای از مشکلات روزمره به زمین مجلس می افتد و به تدریج زمزمه های «نمی گذارند کار کنیم» شروع خواهد شد.
از سوی دیگر، این ماجرا خود به خود باعث خواهد شد تا ضمن آنکه برخی اولویت های اصلی کشور از جمله روند مذاکرات هسته ای، بعضی تصمیمات اقتصادی دولت و ... به حاشیه برود، برخی از دیگر وزاریی نیز که مدتهاست زنگ خطر استیضاح را حس می کنند در حاشیه امن تری قرار بگیرند چرا که در این صورت افکار عمومی نمی پذیرد بلافاصله بعد از استیضاح وزیر علوم و عدم رای اعتماد به گزینه های پیشنهادی دیگر، علی جنتی، بیژن زنگنه یا عباس آخوندی برای استیضاح پای شان به مجلس باز شود.
5. در مجموع به نظر می رسد با توجه به نکات مورد اشاره، رای نیاوردن محمود نیلی بیشتر از رای آوردن وی، برای دولت خوشایند بوده است. این را حتی از نوشته معنادار و تحریک آمیز حسام الدین آشنا مشاور فرهنگی رییس جمهور در آستانه جلسه رای اعتماد می شد درک کرد چرا که بعید است کسی در سطح مشاور رییس جمهور، متوجه نباشد انتشار چنین متنی در آستانه جلسه رای اعتماد به یک وزیر، تا چه حد می تواندبه ضرر دولت و وزیر پیشنهادی تمم شود، لذا به نظر می رسد آشنا نیز اگرچه در ظاهرا طی یادداشت جنجالی اش تلاش داشت تا نمایندگان را به رای مثبت به نیلی ترغیب کند اما در عمل می توان انتشار این یادداشت را با هدف قطعی کردن عدم رای اعتماد نمایندگان به محمود نیلی تفسیر کرد تا همانطور که بیان شد، دولت در شرایط فعلی از این رای منفی به وزیر پیشنهادی خود، سود بیشتری در برابر افکار عمومی و بخشهایی از حامیان خود ببرد.
