بخشی از موانع اسلامی‌شدن دانشگاه‌ها مربوط به مسائل خارج از دانشگاه‌ها و بخش دیگر مربوط به مسائل درونی آن‌ها است. دکتر رحمتی، از اساتید دانشکده الهیات می‌گوید: عامل عدم اعتماد به نفس علمی، به مسائل درون دانشگاه‌ها مربوط است. این عامل خود تابع دیگر عوامل دخیل در روند رشد علمی دانشگاه‌های کشور بر اساس موازین اخلاقی اسلام است. وی دو مورد از این عوامل را عدم وجود چارچوب فکری به عنوان هدف تحصیل علم و سردرگمی دانشگاهیان در عرصه پژوهش می‌داند.
این استاد دانشگاه تهران در مورد عامل اول می‌گوید: معضلی که گریبان‌گیر قشر دانشگاهی، چه استاد و چه دانشجو شده است، بوجود آمدن نگاه درآمدزایی به علم در آنهاست که این مانع ایجاد هدفی متعالی همچون نیل به سعادت جامعه در تمام ابعاد اجتماعی، فرهنگی، اقتصادی و سیاسی می‌شود و نبود چنین اهداف بلندی، مانع شکل‌گیری اعتماد به نفس علمی می‌شود. نکته‌ای که این استاد دانشگاه به آن اشاره می‌کند، مشابه آن چیزی است که سورنا ستاری، معاون علمی و فناوری رئیس جمهور، ۲۷ بهمن ۱۳۹۳ گفته بود: متاسفانه اقتصاد متکی به نفت اعتماد به نفس علمی جوانان را از آن‌ها گرفته است.
استاد دانشکده الهیات دانشگاه تهران در مورد عامل دوم می‌گوید: استاد و به تبع آن دانشجو، شَمای روشنی از نیاز جامعه خود ندارد و این باعث غلبه عرضه‌محوری بر تقاضامحوری در انجام پژوهش‌ها می‌شود. وقتی پژوهشگر دانشگاهی نمود بیرونی پژوهش خود را مشاهده نمی‌کند، نسبت به ادامهٔ تحقیق خویش بی‌انگیزه می‌شود و این بی‌انگیزگی به دنبال خود بی‌اعتمادی به پژوهش‌ها و دستاوردهای علمی را به همراه دارد.
دکتر اسحاقی، از دیگر اساتید دانشکده درباره بی‌انگیزگی دانشگاهیان نسبت به پژوهش و تولید علم، آن را دارای عوامل متعددی می‌داند و از جمله این موارد را نام می‌برد: تعدد مراکز تصمیم‌گیری در دانشگاه‌ها، غلبه کمیت بر کیفیت در پژوهش‌های علمی، تدریس‌محوری بجای پژوهش‌محوری، فقدان تکریم لازم و رعایت شئونات مادی و معنوی استادان، بیکاری وافر دانش‌آموختگان دانشگاهی، عدم تناسب ایجاد رشته‌های تحصیلی با وضعیت بازار کار و نیازمندیهای کشور، ضعف ارتباطات و تعاملات دانشگاه و صنعت، کمی بودجه‌های تحصیلی به نهاد آموزش عالی کشور و فعالیت‌های علمی، کمی منابع و مجلات علمی بین‌المللی، عدم پشتیبانی گسترده مراکز دولتی و خصوصی از طرح‌های دانشگاهی، مدرک‌محوری و مدرک‌گرایی و فقدان ارتباط یا ارتباطات اندک علمی اساتید و دانشجویان با عرصه‌های علمی فراکشوری و بین‌المللی.
دکتر خوش‌منش، عضو هیأت علمی گروه علوم قرآن و حدیث دانشکدهٔ الهیات دانشگاه تهران دربارهٔ علت عدم وجود باور علمی برای تولید علم متناسب با آموزه‌های اسلامی در بین قشر دانشگاهی می‌گوید: دانشگاهیان ما آگاهی لازم را از اسلامی‌شدن علوم ندارند. چقدر حوزه‌های علمیه و اسلام‌شناسان ما توانسته‌اند از اسلام تعریف کاملی ارائه دهند و واقعیت کارآمدی آن در حل معضلات جامعه کنونی را اثبات کنند؟ چقدر چنین اسلامی به صورتی جامع و مانع به دانشگاه‌ها معرفی شده است؟ عدم وجود تبیینی صحیح و کارآمد از علم اسلامی برای قشر دانشگاهی و عدم اطلاع از سیطره علوم غربی و اهداف سلطه‌گرایانه این علوم، مانع آن می‌شود که استاد به کار خویش اعتماد داشته باشد. اگر دانشگاهیان ما از چیستی علم اسلامی و هدفی که دنبال می‌کند و از حقیقت آن اتفاقی که با اسلامی‌شدن علوم دانشگاهی رخ می‌دهد آگاهی یابند، اگر عالمند با خودباوری به تولید علم می‌پردازند و اگر طالب علمند، انگیزه پیگیری اهداف را می‌یابند.
دکتر خوش‌منش ادامه می‌دهد: پژوهشگر مسلمان متعهد درست‌کردن، بر اسلامی‌کردن علوم و دانشگاه ارجحیت دارد. باید از ابتدای تحصیل در دبستان شخص با موازین اسلامی رشد کند و وقتی به دانشگاه رسید، خود بر اساس معیارهای اسلامی تولید علم کند. یک پژوهشگر مسلمان متعهد خود دارای اعتماد به نفس است و هدفش روشن و ذهنش متمرکز است. پس باید با تربیت صحیح اسلامی و قرآنی انسان‌ها از کودکی به دنبال شکوفایی علمی آن‌ها در بزرگسالی باشیم. در کنار پرورش و تربیت، در آموزش نیز لازم است خود باوری علمی از دوران دبستان و دوره متوسطه ایجاد شود. به عقیده بنده، تمام عوامل رشد و شکوفایی علمی به همین خودباوری در حوزه علم ختم می‌شود و با این باور علمی می‌توان شاهد بوجود آمدن علومی باشیم که اسلام در آن حضور دارد یا در خدمت اهداف دین اسلام است.
دکتر عظیمی، عضو هیئت علمی گروه فقه و مبانی حقوق اسلامی دانشگاه تهران نیز در این زمینه معتقد است: طبیعتاً بسیاری از علوم را نمی‌توان دینی کرد. برخی علوم ریشه در تفکر سکولار دارند. لذا برای رسیدن به جامعیت علوم در زمینه علم اسلامی لازم است آن علوم را با به کارگیری در جهت اهداف اسلامی، تابع اسلام کنیم. وقتی یک عالم مسلمان ایرانی با اعتماد به نفس خود به تولید علم در حوزه علوم سکولار مبادرت می‌کند، قاعدتاً به اعتلای دیگر علوم دینی شده کمک کرده است. در جهان امروزی، درصد تکلم به زبان انگلیسی نسبت به درصد انسان‌های ساکن کشورهای انگلیسی زبان بسیار بیشتر است. اکثر قریب به اتفاق پژوهش‌های علمی در جهان به زبان انگلیسی است. این مسئله به خاطر اعتماد به نفس همراه با اندیشه سلطه‌گرایانه عالمان کشورهایی همچون انگلستان است. اگر در حوزه داخلی دانشگاه را بصورت جزئی بررسی کنیم، نقش جهاد دانشگاهی را به عنوان ارگان پویایی بخش علمی در دانشگاه نباید نادیده گرفت.
دکتر محقق، عضو هیأت علمی گروه ادیان و عرفان تطبیقی می‌گوید: در حوزهٔ دین‌شناسی، تمام روش‌های پژوهشی در حوزه دین‌شناسی، غربی است و مطالعات دین‌شناسی توسط اندیشمندان غربی تدوین یافته و به تبع آن روش‌های پژوهشی در این زمینه با تکیه بر آراء دین‌پژوهی مستشرقین و اندیشمندان غربی بکار گرفته می‌شود. یک پژوهشگر ایرانی مسلمان، چه مایه و توان علمی می‌تواند در این زمینه داشته باشد که با باور به توانایی خود، روش انسان‌شناسی یا دین‌شناسی جدیدی طرح کند؟! مطمئناً باید ابتدا سطح علمی به حد زایش علم برسد و امکانات لازم در دسترس باشند و محیط پیرامون آمادگی طرح ایده جدید را داشته باشد تا بعد از آن پژوهشگر به خود این اجازه را بدهد که باور به تولید علم پیدا کند.
دکتر محقق در ادامه به نظر امام خمینی در مورد دانشگاه اسلامی و ملی می‌پردازد و می‌گوید: امام دانشگاه اسلامی و ملی را دانشگاهی پیراسته از آثار منفی و آراسته به استقلال، خودکفایی، آزادگی و دیانت خوانده و نقطه مقابل چنین دانشگاهی را نیز «دانشگاه استعماری» نامیده است. ما در اوج تمدن اسلامی، شاهد آن نوع از اعتماد به نفس علمی همراه با حجب و حیا و عزت نفس هستیم. دانشمندان مسلمان آن عصر هم دارای دانش روز بودند و هم از صفای باطن برخوردار و این مانع آن می‌شد که بخواهند با علم خود تمدنی اسلامی استعمارگر و سلطه‌طلب شکل دهند. ولی در اروپای بعد از عصر رنسانس، علم دستمایه برتری‌جویی برخی از دانشمندان و به تبع آن حاکمان و سیاستمداران آن عصر و دوران بعد از آن می‌شود.
