دکتر شریعتی معتقد بود در علوم طبیعی تا زمانی که بر روی فرمول ها و قواعد حرف می زنیم این قوانین علمی مستقل از دانشمند است ولی در علوم انسانی کاملاً تابع ذهنیت دانشمند است تا واقعیت عینی. در علوم انسانی به جای این که دانش آینه ای باشد که چهره ی واقعیت را نشان بدهد که چیست، چهره ی دانشمند را در آن می بینیم که کیست و از کجاست و به چه وابسته است و چه می خواهد و چه می پسندد و به دنبال چه هدفی است. در علوم انسانی نظریات یک فرد با استادش تا سر حد تضاد متفاوت است که همچین چیزی در علوم طبیعی نیست. از نظریات دانشمندان علوم انسانی دقیقاً مشخص می شود که فرد در کدام کشور و در چه دوره ای و نزد چه کسی درس خوانده و در کدام حلقه و مکتب بوده است. ولی در علوم طبیعی این طور نیست. به جای آن که علم راهنمای عالِم باشد، در علوم انسانی این عالِم است که راهنمای علم است. دانشمندان علوم انسانی بیشتر مخترع بوده اند تا مکتشف. نظریاتشان به فلسفه، ایدئولوژی و هنر بیشتر شبیه بوده تا به علم. اگر چیزی واقعاً علم باشد و کاشف واقعیت بیرونی باشد، چپ و راست، غربی و شرقی، متعالی و مبتذل و انسانی و غیر انسانی ندارد. در علوم انسانی با نظام ملوک الطوایفی مواجهیم. هر کس نظریه ای داده است و رب النوعی شده است و عده ای را پشت سر خودش کشانده است. هر متفکری که آمده پیامبر یک مذهب جدیدی شده و هر یک از علوم اجتماعی قلمرو یک خدایی است و خداوندی که با نبوغ و هنرِ آن نظریه پرداز، بخشی از این سرزمین را فتح کرده و عده ای را دنبال خود کشانده است. علوم انسانی رعایای این رب النوع ها بوده و هستند.
نقدی که سال هاست نسبت به مفهوم توسعه مطرح می کنیم از جمله نقدهای دکتر شریعتی به علوم انسانی موجود بود و نگاه خطی، افقی و تاریخی به مفهوم توسعه را کامل نمی دانست. وی معتقد بود که میان دو مفهوم ترقی و تکامل تفاوت وجود دارد و می بایست مترقی بودن را از متکامل بودن تمیز دهیم. اگر بخواهیم منطق مادی، بورژوازی و سرمایه داری را ملاک قرار دهیم با متکامل ترین دوران بشر مواجه هستیم اما از لحاظ اخلاقی و با ملاک قرار دادن مفاهیم انسانی، مبتذل ترین و منحط ترین دوران تاریخ را پشت سر می گذاریم. بینش سرمایه داری غرب از یک لحاظ یک بینش باز است آن هم از این لحاظ که خط قرمز اخلاقی و فلسفی ندارد. متحرک است و هیچ مانعی را در برابر خودش نمی بیند. از عقل ابزاری با تمام توان استفاده می کند برای حرکت به جلو در سطح افقی. فضای فکری شان آن چنان تنگ است که برای رشد و تکامل و صعود و برای توسعه ی مفاهیم متعالی و آرمان های بلند و جوهرهای معنوی و برای عشق های الهی و معراج و انقلاب های وجودی جایی باز نمی کنند. چون در تابوت طبیعت این مسایل نمی گنجد و کفن سرنوشت های مادی و حیوانی را پاره می کند و می درد بر اندام انسانی که روح خدا در او دمیده شده. وجود این تفکر و این قشر صرفاً مساوی است با موجودی او در بانک اش. جهان این آدم ها جیب شان است. هستی برای آن ها از خانه شروع می شود تا پشت پاچال مغازه شان یا کارخانه شان و یا حساب بانکی شان. کانون اسرار وجودی آن ها و لوح محفوظشان و ملکوت شان صندوق دخل شان است. زمان برای این ها مجموعه ایست صرفاً از سررسید سفته هایشان. خدای این ها را می شود با پول خرید و به هر کاری راضی کرد. با نگاه این ها دوران برده داری هم دورانی موفق است. در این دوران هم بیشترین پیشرفت ها مثل اهرام مصر، دیوار چین، تخت جمشید، برج های بابل و ... رقم خرده است. این دوران هم توانست انسان های زیادی را در خدمت توسعه به صحنه بیاورد. بنابراین دوران سرمایه داری کنونی نیز همانند دوران برده داری پیشرفت های مادی زیادی را برای بشر رقم زد. هم تاریخ و هم جغرافی نشان می دهد زیر شعار پیشرفت همیشه حقیقت و عدالت و حق پایمال شده و گرسنه گان غارت شدند. اسیران قربانی شدند و ارزش های انسانی زیر ارابه ی بی رحم بی عاطفه ای که نامش را گذاشتند توسعه و به طور جنون آمیز شتاب گرفت و هر چه بر سر راهش بود لگد مال کرد و مسخ و محو کرد.
در رابطه ی با علوم انسانی، دکتر شریعتی از طرفی معتقد بود که تمامی علوم انسانی ایدئولوژیک تولید شده و علم نیست. از طرفی دیگر معتقد بود که نباید علوم انسانی را بر مبنای فیزیک و ریاضی و نجوم و فیزیولوژی تعریف کرد و همان نتایج را گرفت. وی به چند تفاوت کلیدی میان علوم انسانی و علوم تجربی اشاره می کند. دقت علوم طبیعی و عدم دقت علوم انسانی، امکان آزمایش حسی در علوم طبیعی، چند بعدی بودن مسایل اجتماعی، وجود استثنا در مسایل اجتماعی، اختیار داشتن انسان، پیچیدگی علوم انسانی و ... .
همچنین شریعتی در جایی می گوید ادعای تضاد میان عقل و دین و علم و دین را تقریباً هیچ یک از دانشمندان علوم طبیعی نکرده اند و کسانی که این ادعا را کردند عمدتاً خودشان دین دار بوده اند. داروین که نظریاتش مبنای رد خدا قرار گرفته خودش می گفت من خدا را قبول دارم و ماتریالیست نیستم. داروین در جایی می گوید روح عرفانی و معنوی یک فصل علمی است که نوع انسان را از میمون و سایر حیوانات متمایز می کند و با این احساس معنوی است که انسان شروع می شود. ماکس پلانک می گوید کپلر به موهبت ایمانی که به شعور حاکم بر این عالم داشت فیزیک مدرن را ساخت. چه طور علم با مذهب دعوا دارد که انیشتین – برجسته ترین چهره ی علمی عصر ما – می گفت احساس عرفانی و معنویت است که شاه فنر اصلی تحقیقات علمی است. شوخی تلخ این است که اکثر دانشمندان علوم طبیعی که خودشان خداپرست اند اصلاً شعار ضد خدا سر نداده اند و این شعار در علوم انسانی متولد شد و کسانی از ضد مذهبی بودن علم حرف زدند که خودشان دانشمند و عالم نبوده اند.
