به گفته مسئولان وزارت علوم، این طرح اردیبهشت سال 94 کلید خورد و در اسفند همان سال به تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی رسید و درنهایت در نیمه‌دوم سال 95 در قالب هشت بند توسط رئیس‌جمهور به وزارت علوم ابلاغ شد. رویکرد اصلی اجرای طرح آمایش آموزش عالی، توجه ویژه به مناطق محروم کشور است؛ به این معنی که این مناطق از لحاظ آموزش عالی و بحث‌های قومیتی مورد توجه ویژه‌ای قرار بگیرند.
چگونگی پیاده‌سازی این طرح از سوی وزارت علوم ازجمله حذف‌شدن برخی دانشگاه‌های کوچک و کاهش ظرفیت، یکی از مسائلی است که حرف و حدیث‌های زیادی را به وجود آورده که با واکنش‌هایی از سوی وزارت علوم روبه‌رو شده است. مجتبی صدیقی چندی‌پیش در گفت‌وگویی با اشاره به طرح ساماندهی مراکز آموزش عالی و احتمال حذف یا ادغام برخی واحدها گفت: «در این طرح، ساماندهی دانشگاه‌ها به معنی حذف واحدها و دانشگاه‌های کوچک نیست. به‌طور نمونه ممکن است در سطح استان فارس ۱۰ یا ۱۱ دانشگاه فعال باشد، از طرفی دانشگاهی مثل دانشگاه شیراز نیز به‌عنوان دانشگاه مادر در این استان فعال است که به‌طور حتم ارتباط آکادمیک، آموزشی و پژوهشی دانشگاه‌های کوچک با دانشگاه مادر تعریف می‌شود.»
این طرح به هر حال توسط وزارت علوم اجرایی شد اما کمتر گزارشی از روند اجرایی‌شدن آن از سوی مسئولان این وزارتخانه منعکس شد، به‌طوری که این موضوع با انتقاد عضو شورای عالی انقلاب فرهنگی روبه‌رو شد. منصور کبگانیان، دبیر ستاد نقشه جامع علمی کشور یکشنبه در بخشی از گفت‌وگوی خود با «تسنیم»، در پاسخ به اینکه مهم‌ترین ضعف و چالش ستاد نقشه جامع علمی کشور با وزارت علوم چه بوده است، گفت: «ما هنوز از وزارت علوم در حوزه آمایش آموزش عالی گزارشی دریافت نکرده‌ایم؛ این مساله از نظر من یک چالش است، هرچند عزیزان ما در وزارت علوم اعلام کرده‌اند برای این موضوع آماده‌ایم، اما تاکنون گزارشی دریافت نکرده‌ایم. آمایش آموزش عالی در نقشه جامع علمی کشور بحث مهمی است.»
قطعا درباره عدم ارسال گزارش آمایش آموزش عالی به شورای عالی انقلاب فرهنگی می‌توان دلایل مختلفی عنوان کرد؛ اما یکی از مسائلی که ابهامات زیادی را در پی داشته است، وجود دلایل شخصی برخی از مسئولان این وزارتخانه که با بند سوم سند سازگاری ندارد، است. در بند سوم ضوابط اجرایی طرح آمایش آموزش عالی آمده است: «وزارت علوم به‌منظور ساماندهی به واحدهای آموزش عالی می‌تواند آنها را تجمیع و ادغام کند، به‌نحوی که پاسخگوی نیازهای منطقه‌ای باشد و منجر به کاهش هزینه‌های سر بار و ارتقای کیفی خدمات شود.»
همه این مسائل از یکسو و ماجرای مجوز رشته‌های دانشگاه آزاد اسلامی به استناد این بند از سوی وزارت علوم، این ابهامات را بیش از پیش می‌کند، به‌طوری که شهریور سال 95 که شریعتی‌نیاسر در گفت‌وگویی گفته بود: «طرح آمایش آموزش عالی دانشگاه آزاد اسلامی با نظر وزارت علوم تدوین می‌شود.» او در آن مصاحبه گفته بود: «دانشگاه آزاد اسلامی طرح آمایش آموزش عالی را برای خود دستورکار کرده و در دستورکار ستاد نقشه‌راه هم هست، اما قرار است برنامه‌های آن ذیل آموزش عالی وزارت علوم باشد. اکنون آنچه در دانشگاه آزاد اسلامی تدوین شده است به وزارت علوم ارائه شده تا با نظرات این وزارتخانه طرح مذکور بررسی شود.»
