یگانه مرجع صالح رسیدگی به تخلفات دانشجویان، شوراهای انضباطی است و هیچ مرجع دیگری حق دخالت در این امر را ندارد. شوراهای انضباطی عبارتاند از: شوراهای انضباطی دانشگاه (شورای انضباطی بدوی و شورای انضباطی تجدیدنظر) که در دانشگاه ها مستقر است و شورای انضباطی مرکزی که در وزارت علوم مستقر است.
قبل از تفهیم اتهام به دانشجو، باید حقوق انضباطی نام برده به صورت شفاهی به وی تفهیم شود.
تخلفاتی که دانشجو به آن ها متهم است، باید در اولین فرصت به وی تفهیم شود. دعوت از دانشجو باید به صورت کتبی و رسمی انجام شود. چنانچه دانشجو پس از دعوت اول، در دبیرخانه حاضر نشود، باید مجدداً به صورت کتبی و رسمی دعوت شود. چنانچه دانشجو مجدداً حاضر نشود، دعوت نامه سوم به آدرس محل سکونت وی ارسال می شود. تفهیم تخلفاتی که دانشجو به آن متهم است، باید شفاف باشد.
اصل بر برائت دانشجوست. دعوت و تفهیم اتهام دانشجو فقط در موارد مندرج در ماده ۶ آیین نامه انضباطی مجاز است. تفهیم اتهام به دانشجو باید با ذکر دلایل و مستنداتی انجام شود که بر مبنای آن ها دانشجو به تخلف متهم می شود. دانشجو حق رؤیت مستندات را دارد. متهم برای اثبات بی گناهی خود درصورت عدم دلایل کافی بر احراز و انتساب تخلف، نیاز به ارائه هیچگونه دلیلی ندارد.
دانشجو حق دارد در برابر اتهام وارده، از خود دفاع کند. دفاعیات دانشجو پس از انجام مصاحبه حضوری با وی به صورت کتبی، اخذ و صورت جلسه می شود.
دانشجو حق دارد در جلسه شورای انضباطی دانشگاه حاضر شود و به صورت شفاهی، دفاعیات خود را به سمع اعضای شورا برساند.
حکم شورای انضباطی باید به صورت کتبی به دانشجو ابلاغ شود. رئیس یا دبیر شورای انضباطی دانشگاه باید احکام صادره را حداکثر تا یک ماه پس از صدور، به دانشجوی متهم ابلاغ و رسید دریافت کند. درصورتی که دانشجو به دلایل غیرموجه، از اعلام رؤیت حکم اولیه خودداری کند، حکم اولیه عیناً قطعی محسوب می شود. احکام از طریق دبیرخانه با امضای رئیس شورا به دانشجو ابلاغ می شود. احکام شورای تجدیدنظر و مرکزی انضباطی در صورت تفویض اختیار، توسط دبیر این شوراها نیز می تواند امضا شود.
الف. رسیدگی به تخلفات دانشجو با رعایت حقوق وی باید در کمترین زمان ممکن انجام شود. در صورت عدم رعایت این حق و ورود خسارت به دانشجو، دانشگاه باید به نحوی که منافی مصالح کلی دانشگاه و سایر دانشجویان نباشد، به جبران آن اقدام کند.
دانشجو حق دارد پس از دریافت حکم، درخواست تجدیدنظر کند. این حق هم شامل احکام شورای انضباطی بدوی و هم شورای انضباطی تجدیدنظر است. باتوجه به اینکه تنبیه های پیش بینی شده برای تخلفات دانشجویی، طی بیست بند از سبک به سنگین طبقه بندی شده و موارد متنوعی را شامل می شود، مراجع تجدیدنظرخواهی آن ها نیز متفاوت است .
در طول زمان رسیدگی به تخلفات دانشجو، وی حق ورود به دانشگاه و خوابگاه و استفاده از امکانات آن را دارد، مگر در مورد محدودیت یک ماهه و دوماهه ای که برابر آیین نامه به دستور رئیس دانشگاه ایجاد می شود.
اعضای شورا و کارکنان دبیرخانه شورای انضباطی مجاز به تجسس در زندگی خصوصی دانشجویان نیستند.
اعضای شورا و کارکنان دبیرخانه شورای انضباطی موظف اند کلیه اطلاعات مربوط به تخلف دانشجو را محرمانه تلقی و از افشای آن (به جز نزد همسر و والدین با رعایت مصالح دانشجو) خودداری کنند. اعلام سوابق انضباطی به مراجع ذی صلاح فقط از طریق شورای انضباطی دانشگاه انجام می شود.
دانشجو حق دارد برای احکام خود، تقاضای تعلیق و تخفیف کند که اعمال آن منوط به موافقت شورای انضباطی است. در جریان رسیدگی به پرونده های انضباطی از بدو تا پایان رسیدگی، اخذ تعهد بنا بر صلاحدید هریک از شوراها مجازاست و می تواند به عنوان عامل تخفیف یا تعلیق در تنبیه یا مختومه شدن پرونده بدون درج در سوابق انضباطی لحاظ شود.
دانشجو حق دارد در حین تحصیل یا پس از فارغ التحصیلی، تقاضا کند سوابق انضباطی اش امحا شود. احکام منطبق برتنبیه های بند ۱ تا ۳ و آثار آن ها و نیز احکام تعلیقی، در پایان تحصیل، خودبه خود امحا می شوند و امحای آن ها نیاز به موافقت شوراهای انضباطی ندارد. امحای سوابق پس از تقاضای دانشجو در مورد تنبیه های بند ۴ تا ۱۱ منوط به موافقت شورای انضباطی تجدیدنظر و در مورد تنبیهات بند ۱۲ تا ۲۰ منوط به موافقت شورای انضباطی مرکزی است.
کارکنان و اعضای شوراهای انضباطی حق تجسس در زندگی خصوصی دانشجو و افشای اطلاعات مربوط به تخلف او را ندارند. در غیر این صورت، دانشجو حق دارد موضوع را از طریق شورای تجدیدنظر یا شورای انضباطی مرکزی پیگیری کند.