به گزارش «خبرنامه دانشجویان ایران»؛ امام خمینی(ره) بارها به پدیده یهودیان مخفی و پیوند آن با بهائیان مخفی توجه کرده و در این زمینه هشدار داده‌اند که برخی از این موارد را با توجه به بحث هایی در خصوص نفوذ دشمن و پروژه جاسوسی یادآور می شویم:
«می‌گویند یک یهودی در همدان مسلمان شده بود. بعد خیلی به آداب اسلام پایبند شده بود؛ خیلی زیاد! این موجب سوءظن مرحوم آسید عبدالمجید، که یکی از علمای همدان بود، شده بود که این قضیه چیست. یک‌وقت خواسته بودش، گفته بود که تو مرا می‌شناسی؟ گفت: بله. گفت: من کی‌ام؟ گفت: شما آقای آسید عبدالمجید. گفت من از اولاد پیغمبرم؟ گفت: بله. تو کی؟ من یک یهودی بودم، پدرانم یهودی بودند و تازه مسلمان شده‌ام. گفته بود: نکته‌ی این‌که تو تازه مسلمان که همه‌ی پدرانت هم یهودی بودند و من هم سید و اولاد پیغمبر و ملا و این چیزها، تو از من بیشتر مقدسی، این نکته‌ی این چیست؟! من شنیدم که یهودی گذاشت و رفت! معلوم شد حقه زده. یک قضیه‌ای بوده. می‌خواسته با صورت اسلامی کارش را بکند. تو یهودی‌ها این‌گونه کارها هست». [صحیفه امام خمینی(ره)، ج ۸، ص ۱۳۴–۱۴۵]
علاوه بر گفتار فوق حدود پنج ماه پیش از قتل حسنعلی منصور و صعود امیرعباس هویدا به صدارت، که به یک خانواده سرشناس بهائی تعلق داشت، درباره‌ی نفوذ صهیونیسم در ایران و پیشینه‌ی تروریسم بابی – بهائی و خطر نفوذ بهائیان مخفی در دستگاه‌های دولتی فرمودند: «این عمّال اسرائیل در ایران هرجا انگشت می‌گذاری می‌بینی که یکی از این‌هاست. مراکز حساس، مراکز خطرناک، والله مراکز خطرناک برای تاج این آقا. ملتفت نیستند اینها. اینها آن‌ها بودند که در شمیران توطئه کردند ناصرالدین‌شاه را بکشند [و] مملکت ایران را قبضه کنند. شما تاریخ نگاه کنید. تاریخ که می‌دانید. در نیاوران توطئه کردند. در نیاوران چند نفر رفتند ناصرالدین‌شاه را ترور کنند و یک عده هم در تهران بودند که حکومت را قبضه کنند. اینها حکومت را از خودشان می‌دانند. اینها در کتاب‌های‌شان نوشته‌اند، در مقالات‌شان نوشته‌اند حکومت مال ماست، باید ما یک سلطنت جدیدی به‌وجود بیاوریم، یک حکومت جدیدی به‌وجود بیاوریم، حکومت عدل… آقا بترسید از اینها. یک جانورهایی‌اند اینها». [صحیفه امام خمینی(ره)، ج ۱، ص ۳۷۳–۳۹۵]
