یکی از ابهامات آیین‌نامه فعلی یکی بودن ارتقای اعضای هیات‌علمی آموزشی و پژوهشی وزارت بهداشت با همتایان خود در وزارت علوم است؛ مساله‌ای که در آیین‌نامه سال 89 نیز دیده می‌شود. هرچند نحوه امتیازدهی به فعالیت اعضای هیات‌علمی در جداول جداگانه‌ای تفکیک شده است و از این رو تفاوتی بین امتیازدهی به فعالیت آموزشی و پژوهشی جامعه پزشکان با اصحاب دیگر علوم قائل شده‌اند، اما یکسان‌انگاری در فاکتورهای ارتقای مرتبه اعضای هیات‌علمی «وزارتین» نشان از تفاوت‌های اساسی بین شاخه‌های علوم در سطح کلان مدیریت دانش دارد؛ به‌طوری که نقدهای اساسی بین یکسان‌انگاری فعالیت علمی یک استاد فلسفه با مهندسی شیمی در آیین‌نامه‌های قبلی همچنان وارد بوده و اکنون نیز هست. یکسان‌انگاری جدید، یعنی قائل نبودن تفاوت‌های بنیادین در بین رشته‌های پزشکی در کنار رشته‌های فنی، مهندسی و علوم انسانی اقدامی ابهام‌آمیز است. (علی ابراهیمی/ مهر)
براساس عقیده بسیاری از اساتید، آیین‌نامه فعلی ارتقا، نگاه یکسانی به همه دانشگاه‌ها در حوزه‌های آموزشی و پژوهشی دارد، در صورتی که این مساله می‌تواند سد جدی در اولویت‌های یک دانشگاه در یک منطقه باشد. به‌طور ساده‌تر، برخی از دانشگاههای کشور با اهداف خاصی تاسیس شده‌اند که طبعا باید نظام ارزیابی در این دانشگاه‌ها متفاوت باشد. دانشگاه‌هایی که تحت نظر یک مجموعه خاص دولتی ایجاد می‌شوند، از این جمله‌اند. همچنین طی فعالیت برخی دانشگاه‌ها، توان تحقیقاتی برخی اساتید دانشگاه در برخی حوزه‌ها متمرکز می‌شود که سبب می‌شود این دانشگاه‌ها در آن زمینه سرآمد شده و به نوعی قطب علمی کشور تلقی شوند.
عدم تفکیک مناطق جغرافیایی یکی دیگر از چالش‌های اصلی این آیین‌نامه محسوب می‌شود، به‌طوری که نیازمندی‌های مناطق مختلف کشور با یکدیگر متفاوت است و برخی مناطق بومی نیازهای بومی خاصی دارند. بدیهی است که نسبت همه دانشگاههای کشور با مسائل مذکور به یک میزان نبوده و وظیفه نیز به یک نسبت نیست. اساسا حل برخی مسائل بومی نیازمند حضور در منطقه مربوطه است که این امر برای دانشجویان و اساتید مناطق بومی به‌راحتی مقدور می‌شود. پس می‌توان ادعا کرد که دانشگاههای مناطق مختلف کشور به تناسب نیازهای بومی منطقه خود، باید برخی از تحقیقات خود را به سمت حل نیازهای منطقه‌ای سوق بدهند. مثلا دانشگاهی که در نزدیک منطقه دریایی جنوب کشور قرار دارد، می‌تواند روی آبزیان فعالیت تحقیقاتی کند و به صنعتگران این حوزه چه در بخش‌های تخصصی همچون تغذیه و پزشکی و... چه در بخش‌های مدیریتی همچون بازاریابی و بسته‌بندی و... کمک کند.
یکی دیگر از ابهامات آیین‌نامه فعلی نامعلوم بودن انتظارات علمی و پژوهشی از اساتید است. البته گرچه با توجه به اینکه مدل دقیق ارزیابی علم و فناوری در نظام آموزشی تدوین نشده است، مشخص نیست که با اجرای این آیین‌نامه، انتظارات هر بخش از اساتید چیست. مثلا مشخص نیست در بندهای مرتبط به تالیف و ترجمه کتاب چه انتظاراتی از اساتید باید لحاظ شود، یا در ماده یک این آیین‌نامه که به موضوعات فرهنگی اختصاص دارد، معلوم نیست ذکر عبارت «تدوین کتاب، مقاله و تولید اثر بدیع و ارزنده هنری با رویکرد اسلامی در حوزه‌های فرهنگی، تربیتی و اجتماعی» که چهار امتیاز به آن اختصاص داده شده چه تکلیف دقیقی به یک استاد دارد و انتظار از این فعالیت چیست؟ یا در بند یک ماده 2 که مربوط به فعالیت‌های آموزشی است، انتظار از یک استاد در رعایت نظم و انضباط درسی و شئون آموزشی چیست؟
مهم‌ترین و چالش‌برانگیزترین ایرادات آیین‌نامه ارتقا، تاکید بر مقاله‌محوری است که ظهور و بروز جدی آن در انتشار مقالات ISI است! چرا این ذوق و شوق در انتشارات مقالات ISI وجود دارد؟ پاسخ را باید در این بخش از آیین‌نامه ارتقای اساتید یافت.
در ماده 3 این آیین‌نامه که به فعالیت‌های پژوهشی می‌پردازد، تنها یک بند به موضوع تولید دانش فنی، تجاری‌سازی و اختراع اشاره کرده است. این بند گرچه 10 بند داخلی دارد، اما نحوه تخصیص امتیازات و چگونگی کسب آن دارای پیچیدگی‌های خاص خود است، به‌طور مثال در بند 2 آن، امتیاز طراحی سیستم‌ها، روش‌ها و خدمات جدید به‌منظور حل معضلات آموزشی، پژوهشی، بهداشتی و درمانی 5/0 تا 4 امتیاز دارد، یا مثلا در بند 8 آن که بیشترین ارزش را به اختراع، اکتشاف و تولید محصولات پژوهشی و فناورانه می‌دهد، از 1 تا 15 امتیاز در نظر گرفته شده است. این مساله از یک طرف و پیچیدگی‌های تایید این امتیازات که بعضا باید از فیلتر چندین موسسه عبور کند، باعث ابهاماتی پیرامون کاهش انگیزه اساتید برای ورود به مقوله تجاری‌سازی و تولید دانش می‌شود.
ارتقا براساس راهنما یا مشاوره پایان‌نامه در دوره کارشناسی‌ارشد و دکتری در بند 13 ماده 3 این آیین‌نامه قابل‌توجه است، به‌طوری که در تبصره 2 این بند آمده است: برای ارتقا به مرتبه دانشیاری راهنمایی حداقل چهار پایان‌نامه کارشناسی‌ارشد مشروط به دایر بودن دوره کارشناسی‌ارشد در رشته متقاضی در موسسه محل خدمت الزامی است. در تبصره 3 نیز آمده است: برای ارتقا به مرتبه دانشیاری اعضای هیات‌علمی گروه معارف، راهنمایی حداقل چهار پایان‌نامه کارشناسی‌ارشد مشروط به دایر بودن و دانش‌آموخته داشتن در دوره کارشناسی‌ارشد رشته متقاضی در موسسه محل خدمت الزامی است. در صورت فقدان دوره کارشناسی‌ارشد در رشته متقاضی اتمام یک کتاب تالیفی با یک طرح پژوهشی مصوب در رشته تخصصی متقاضی که در چارچوب اسناد ملی یا بالادستی انجام شده باشد، کفایت می‌کند و برای ارتقا به مرتبه استادی راهنمایی حداقل 3 رساله دکتری مشروط به دایر بودن و دانش‌آموخته داشتن در دوره دکتری رشته متقاضی در موسسه محل خدمت الزامی است.
یکی از ضعف‌های جدی این آیین‌نامه که در آیین‌نامه سال 89 نیز منتقدان به آن اشاره داشته‌اند، ضعف ساختار جریمه اساتید است. به‌طور کلی در آیین‌نامه فعلی هیچ ساختاری برای تنزل علمی اساتید در نظر گرفته نشده است و صرفا طولانی شدن ارتقای یک استاد می‌تواند نشان‌دهنده کم‌کاری یا ضعف علمی بوده باشد. اصلاح و گنجاندن این نکته در آیین‌نامه جدید می‌تواند قابل‌تامل باشد، به‌طوری که اگر استادی نتواند جایگاه علمی خود را براساس نیازهای ملی تعریف کند، ساختار در نظر گرفته شده جایگاه علمی را کاهش می‌دهد. البته این مساله در ایران سال گذشته در لایحه مجلس ذیل قانون «پیشگیری و مقابله با تقلب در تهیه آثار علمی» در نظر گرفته شده است و اساتیدی که مرتکب تخلف علمی شوند، با تنزل رتبه علمی روبه‌رو خواهند شد.
این مورد ارتباط مستقیمی با نبود ساختار تنزل علمی اساتید خواهد داشت، به صورت ساده وقتی برای یک استاد شرط گذاشته می‌شود که امتیاز پژوهشی وی برای ارتقا باید فلان امتیاز باشد، او به دلایل مختلف قطعا به دنبال تولید سریع مقالات علمی خواهد رفت که یکی از راه‌های ساده این تولید مقاله، سرقت علمی و کپی‌برداری است که سال گذشته این مساله به یکی از چالش‌های نظام آموزشی کشور تبدیل شد؛ محمدرضا سهرابی، استاد دانشگاه علوم پزشکی و مجله انگلیسی زبان STH چندی پیش در برنامه «مناظره» گفته است: «برخی موارد سرقت علمی که در حال انجام است، به صورت سیستمی تحت وزارت علوم و وزارت بهداشت و به طول کلی سیستم پژوهشی کشور است؛ یعنی گاهی سیستم افراد را مجبور می‌کند تولیدات علمی را به اجبار برای رسیدن به درجه و جایگاهی داشته باشیم بدون اینکه نیازی به آن مقالات علمی وجود داشته باشد.»
یکی از نقدهایی که به این آیین‌نامه که در آیین‌نامه سال 89 نیز دیده می‌شود، می‌توان داشت، بند 9، ماده 4 (فعالیت‌های علمی اجرایی) است. این بند برعهده داشتن مسئولیت در قوای سه‌گانه را تا 14 امتیاز در نظر گرفته است که این موضوع می‌تواند چالش‌آفرین باشد. منتقدان معتقد هستند این امتیاز به این افراد که عمدتا با فضای علمی و دانشگاهی فاصله زیادی به دلیل نوع مسئولیت خود دارند، در تضاد با عدالت آموزشی با اساتید دیگر است. منتقدان معتقدند این افراد با اشغال کرسی‌های هیات‌علمی جای استعدادهای جوان را نیز گرفته‌اند. روسای سه قوه، وزرا، معاونان، نواب رئیس مجلس، دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی، نمایندگان مجلس و بسیاری دیگر از افرادی که منصب دولتی و غیردولتی دارند، شامل این بند هستند.
