به گزارش «خبرنامه دانشجویان ایران» به نقل از تسنیم، در روزهای گذشته انتشار نامه حجت‌الاسلام موسوی خوئینی‌ها موجب انتقاد شخصیت‌های سیاسی هر دو جریان اصولگرا و اصلاح طلب و بزرگان نظام به محتوای نامه وی شد. مطرح شدن دوباره خوئینی‌ها در رسانه‌ها بار دیگر موجب شد تا برخی به بازخوانی گذشته وی به‌ویژه تفاسیر قران او در مسجد جوستان شد. تفاسیری که برخی همچون اکبر گودرزی و اعضای گروهک فرقان تحت تاثیر این تفاسیر دست به ترور برخی شخصیت‌های مهم انقلاب زدند.
مرحوم حجت‌الاسلام محسن دعاگو در کتاب خاطرات خود که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است درباره زمینه‌های اختلافات شهید بهشتی با موسوی‌خوئینی‌ها می‌گوید: "یکى از آفت‌هایى که در بین ما روحانیون و علماى دینى وجود دارد ـ البته به غیر از روحانیون بسیار متدین ـ آفت ریاست‌طلبى است؛ «آفت العلماء حب الریاسه.» آن کسانى که به دنبال ریاست نیستند، با خداى خودشان قضایا را حل کرده‌اند. در آن زمان نسبت به آیت‌الله دکتر بهشتى رقابت و حسادتى وجود داشت. مخالفت‌هاى شخصى سبب مى‌شد که عده‌اى نسبت به حزب جمهورى و اعضاى آن موضع‌گیرى کنند.
براى مثال بین آقاى موسوى خوئینى‌ها و آقاى دکتر بهشتى رابطه خوبى وجود نداشت،خیلى‌ها در جریان نبودند و نمى‌دانستند ریشه این اختلاف در چیست. در این قضیه حق با شهید بهشتى بود؛ البته آقاى موسوى خوئینى‌ها روحانى‌اى فاضل، خوش بیان، سیاسى و مبارز بود و ویژگى‌هاى مثبت و خوبى در او وجود داشت. ماجرا از این قرار بود که آقای موسوى خوئینى‌ها قبل از پیروزى انقلاب اسلامى جلسات تفسیر قرآن برقرار کرده بود که من نیز چند بار در آن جلسات حضور داشتم. من نمى‌خواهم درباره درست یا نادرستى دیدگاههایشان بحث کنم، بلکه فقط فضاى بحث تفسیر را بیان مى‌کنم. تفسیر ایشان خیلى روشن‌فکرانه بود. آن‌چه آقاى موسوى خوئینى‌ها از الفاظ و عبارات قرآن استخراج مى‌کرد، بیش از اندازه واقعى آن بود. در حقیقت مى‌توان گفت ایشان خارج از چارچوب اصطلاحات زبان عربى مطلب استخراج مى‌کرد. به طور طبیعى تعدادى از ائمه جماعات و روحانیون شمیران و تهران از شیوه تفسیر ایشان انتقاد مى‌کردند. جلسه تفسیر قرآن آقاى موسوى‌خوئینى‌ها جمعیت زیادى را به خود جذب کرده بود، ولى در عین حال منتقدانى داشت که سخنان او را براى مرحوم بهشتى نقل کردند. دکتر بهشتى به تفسیر آقاى موسوى‌خوئینى‌ها انتقاد کرد و براى او پیغام داد که «در حد عرف تفسیر کنید.»
آقاى خوئینى‌ها از انتقاد شهید بهشتى ناراحت شد و به من گفت: «چه فرقى مى‌کند، به مانند آن است که آقاى بهشتى از یک لفظ مطلبى را استنباط کند و بر مبناى آن قرآن را تفسیر کند و من آن را تفسیر ندانم. چطور مى‌شود که اگر شما چیزى از یک لفظ در قرآن فهمیدید آن را مفهوم درست قرآن مى‌دانید، ولى برداشت من از همان لفظ عین قرآن نیست؟» من با مرحوم دکتر بهشتى صحبت کردم، گفتم: «قضیه پیغام شما براى آقاى موسوى خوئینى‌ها چیست؟» آقاى بهشتى گفتند: «تفسیر قرآن یک عرفى دارد. تفسیر مفسر باید مستند باشد، الفاظ و عبارات، مفاهیم شناخته‌شده‌اى دارند. نباید از چارچوب خارج شد. هرگاه ما از این حدود خارج شدیم، انتقادات از گوشه و کنار متوجه ما مى‌شود و برداشت سلیقه‌اى از قرآن حوزه تفسیر را آشفته مى‌کند.»
