نهایت عکس العمل آیت الله حائری زعیم حوزه قم این نامه بود که در تیرماه ۱۳۱۴ به رضا شاه نوشت: «مشهور خاطر همایونی بوده که احقر همیشه تعالی و ترقی دولت علیّه را منظور داشته و اهمّ مقاصد می‌دانسته، فعلاً هم به همین منظور نظر عرضه می‌دارد اوضاع حاضره که بر خلاف قوانین شرع مقدس و مذهب جعفری(ع) است، موجب نگرانی داعی و عموم مسلمین است، البته بر ذات ملوکانه که امروزه حامی و عهده‌دار نوامیس اسلامیه هستید، حتم و لازم است که جلوگیری فرمایید، عموم اهالی ایران بلکه مسلمین دنیا را قرین تشکر فرموده، امید است رفع اضطراب این ضعیف و عموم ملت شیعه بشود.»
گفته می‌شود رضا شاه به شدت با این گفتار حاج شیخ برخورد کرد و شخصاً به قم رفت و در منزل آیت الله حاضر شد و این‌گونه با وی سخن گفت: رفتارتان را عوض کنید وگرنه حوزه قم را با خاک یکسان می‌کنم. کشور مجاور ما (ترکیه) کشف حجاب کرده و به اروپا ملحق شده است، ما نیز باید این کار را بکنیم و این تصمیم هرگز لغو نمی‌شود.
و در جای دیگر گفته بود: اگر حاج شیخ حرفی بزند ، میفرستمش جایی که عرب نفرستاد.
در زمان پهلوی دوم نیز هر جور دلشان می خواست احکام مذهب را مسخره میکردند تا جایی که در خیابان رابطه جنسی برقرار کردند و هیچ یک از علما جرأت نکرد بگوید به این حکومت گمراه مالیات ندهید.
در عراق مراجعی چون سیدمحمد باقر صدر را شهید کردند، خاندان حکیم را تار و مار کردند، زعیم حوزه نجف (آیت الله خویی) وقتی از دنیا رفت، فقط چهل نفر ایشان را تشییع کردند و نیمه شب در حکومت نظامی دفن شدند.
آنقدر وضع حوزه ها تنگ بود که مجبور بودند، شاه ها را ذات اقدس همایونی خطاب کنند!
این مقدمه کتاب حیات القلوب علامه مجلسی، فقیه بزرگ زمان صفوی است ، خطاب به شاه سلیمان صفوی است:
شاه آگاه، والا جاه، سپهر بارگاه انجم سپاه، سلیمان نشان، دارا دربان، رعیت پرور و عدالت گستر، نهال رعنای بوستان صفوت و خلافت، سرو زیبای چمن ابهّت و جلالت و جهان بخش، دریا نوال، سایه ی رافت حضرت پروردگار ذوالجلال ... السطان سلیمان، مدّالله أطناب دولته إلی ظهور صاحب الزمان و جعله من أنصاره و أعوانه علیه و آله و علی آبائه صلوات الرحمن، لهذا دیباچه ی آن را به نام نامی، و القاب گرامی آن اعلی حضرت مزّین و موشّح گردانید....
وضع علمای ما با حکومت های دیگر این چنین بود ...
و حالا که بعد از خون دل خوردن امام خمینی و شهدا و مردم، مراجع تریبونی پیدا کردند و کسی جرأت انتقاد از آنها ندارد و تشییع جنازه های میلیونی و کنگره های بزرگداشت و موسسه های میلیاردی در اختیارشان قرار گرفته ، به جای اینکه فسادها را درست کنند ، مسئولین را ارشاد کنند، از این آزادی بیان استفاده کنند ، آبروی نامسلمانها را ببرند، کمک کنند اسلام نجات پیدا کند، می فرمایند: اگر این حکومت. گمراه، روز شهادت موسی بن جعفر ع را تعطیل نکند به آن مالیات نپردازید!!!
خدا می داند اگر همین حکومت به قول شما گمراه نبود، الآن در همین قم همجنسبازها جلوی خانه شما جشن عروسی راه می انداختند، کسی دیگر نام شما را هم نمیشنید، در کوچه ها، پلیس، عمامه از سرتان می انداخت!
تشییع جنازه شما از تشییع جنازه (آیت الله خویی) هم خلوتتر می شد...
و شاید آن موقع همه می فهمیدند امام برای شما و ماندن شیعه و مذهب چه کرد و شما برای شعائر مذهب چه کردید؟