به‌موجب اجرای این مصوبه باید تمامی مدارس هیئت‌امنایی، شاهد، ایثارگران، استعدادهای درخشان، نمونه دولتی، آموزش از راه دور، اقلیت‌های مذهبی، شبانه‌روزی، عشایری و تطبیقی باید حذف شوند.
این مصوبه با چندین چالش مواجه است:
1.با منویات صریح مقام معظم رهبری مبنی بر ضرورت نخبه‌پروری و تقویت مدارس استعدادهای درخشان در دیدار سال 98 با معلمان و فرهنگیان مغایر است.
2.با اصل 75 قانون اساسی به دلیل افزایش هزینه‌های دولت مغایر است. چرا که بخشی از هزینۀ مداس شاهد، هیئت امنایی و استعدادهای درخشان از والدین و نهادهای حمایتی تامین می‌شود.
3.با رویکردهای کلان شورای عالی انقلاب فرهنگی مغایر است. این شورا با حذف مدارس استعدادهای درخشان و نمونه دولتی در سال 96 توسط شورای عالی آموزش و پرورش به صراحت مخالفت نمود. همچنین اخیرا مصوبه تشکیل سازمان ملی پرورش استعدادهای درخشان را ابلاغ نمود.
4.واژۀ «تنوع» در این مصوبه به دلیل عدم تصریح ملاک تنوع مبهم است. در واقع مشخص نیست ملاک تنوع نظام تامین مالی است، برنامه درسی است، سن دانش آموزان است یا ...
5.مشخص نیست «فاصله محل سکونت تا مدرسه» تنها ملاک ثبت‌نام است یا یکی از ملاک‌های ثبت‌نام؛ چراکه اگر تنها ملاک باشد از این به بعد مدارس نمی‌توانند هیچ ملاک دیگری نظیر سن یا حتی جنسیت را برای ثبت‌نام لحاظ کنند و موظف‌اند به‌طور مثال افراد بزرگسال را نیز در مدارس عادی ثبت‌نام نمایند.
6.اجرای این مصوبه به دلیل حذف مدارس آموزش از راه دور، شبانه روزی، اقلیت‌های مذهبی، مجتمع‌های آموزشی تطبیقی و بزرگسالان که مختص گروه های مخاطب خاص تأسیس شده‌اند، نظام آموزشی را با اختلال در ارائۀ همگانی خدمات آموزشی مواجه می سازد.
7.این مصوبه با حذف مدارس نمونه دولتی، دانش‌آموزان مستعد مناطق محروم را از خدمات آموزشی با کیفیت محروم کرده و ناقض عدالت آموزشی است.
8.به دلیل حذف مدارس دولتی باکیفیت و هدایت خانواده‌های دغدغه‌مند به سمت مدارس غیردولتی، عملا موجب هموارسازی مسیر خصوصی‌سازی مدارس می شود.
9.با حذف محدود مدارس دولتی باکیفیت یعنی نمونه دولتی، استعدادهای درخشان و هیئت‌امنایی، میانگین سطح کیفیت مدارس دولتی را تنزل می بخشد.
10.در تدوین آن به تجارب بین‌المللی بی‌توجهی صورت گرفته است؛ کشورها برعکس این مصوبه، به‌جای حذف بی‌چون‌وچرای هرگونه تنوع، با تعریف «نظام‌مند» انواع مدارس، مسیر مشارکت افراد، مؤسسات، شرکت‌ها و نهادهای گوناگون در حوزۀ آموزش عمومی فراهم می‌آورند.
درمجموع پیشنهاد می‌شود شورای نگهبان به استناد ابهامات متن مصوبه و مغایرت‌های آن با مراجع بالادستی این مصوبه را برای بررسی مجدد به مجلس شورای اسلامی ارجاع دهد. مجلس شورای اسلامی نیز رویکرد کلان خود را از «حذف» تنوع مدارس به «ساماندهی» آن تغییر داده و مبتنی بر این تغییر، متن مصوبه را اصلاح نماید.