خبرنامه دانشجویان ایران: شاهدانی دارم که شهید مطهری راجع به موسوی‌خوئینی‌ها گفته است که این فرد افکار کمونیستی دارد. منبرهای ایشان گروه فرقان را پرورش می‌داد.
حجت‌الاسلام شجونی عضو شورای مرکزی جامعه روحانیت مبارز در واکنش به بیانیه مجمع روحانیون مبارز در حمایت از موسوی خوئینی‌ها و متهم کردن منتقدان وی به پیروی از شیوه عمل منافقین و دستگاه‌های جاسوسی بیگانه، گفت: مجمع روحانیون مبارز با این بیانیه‌ها نمی‌تواند امثال آقای موسوی خوئینی‌ها را تطهیر کند.
وی ادامه داد: آقای موسوی‌خوئینی‌ها وقتی که می‌گوید ما در زمان امام هم به ولایت فقیه اعتقاد نداشتیم یا در جلساتش می‌گوید که باید آیت‌الله خامنه‌ای را از تخت پایین کشید یک مهر باطل به پرونده خود زده است.
شجونی با بیان اینکه روزنامه سلام متعلق به موسوی‌خوئینی‌ها برای افراد ضدانقلاب و ضدامام لانه زنبور بود، ادامه داد: من اخیراً مطالعه می‌کردم که مقام معظم رهبری چندان خوشحال نبودند از اینکه روزنامه سلام تعطیل شود اما با فشار آقای هاشمی رفسنجانی این روزنامه بدنام تعطیل شد.
این عضو جامعه روحانیت مبارز به مواضع موسوی‌خوئینی‌ها در اوایل انقلاب اشاره کرد و گفت: من افرادی را شاهد دارم که شهید مطهری راجع به موسوی‌خوئینی‌ها گفته است که این فرد افکار کمونیستی دارد. منبرهای ایشان در مسجد خوزستان گروه فرقان را پرورش می‌داد و پای منبر ایشان در این مسجد کسانی مانند اکبر گودرزی (رئیس گروه فرقان) و محمود کشانی که عامل ترور شهید مفتح بود، می‌نشستند.
شجونی افزود: یکی از دوستان ما در آن جلسه به کروبی گفته بود که اگر انقلاب پیروز شود اینها (اکبر گودرزی، محمود کشانی و...) آنها (شهیدان بهشتی، باهنر، مفتح و مطهری) را خواهند کشت. چون آقای موسوی‌خوئینی‌ها در سخنرانی‌اش این افراد را به دلیل همکاری با آموزش و پرورش که کارهای بسیار بزرگی نیز انجام دادند. «؟؟ عن سبیل‌الله» معرفی می‌کرد.
وی گفت: من در همان زمان 10 صفحه تایپ کردم و پیش‌بینی کردم که این راهی که آقای خوئینی‌ها دارد می‌رود اشتباه است و دنباله خطرناکی دارد و دنباله آن هم همان انشعاب آنها از جامعه روحانیت مبارز بود.
شجونی با ذکر خاطره‌ای از جلسه مشترک خود با موسوی‌خوئینی‌ها در زمان دادستانی کل کشور وی، گفت: در یک جلسه زمانی که من صحبت کردم ایشان که دادستان کل کشور بود، می‌گفت که این آقای شجونی را باید دستگیر کرد برای اینکه در زمان میرحسین هم، مخالف میرحسین بود. من هم از آن جلسه قهر کردم و گفتم: بله بنده مخالف میرحسین بوده و هستم. من طرفدار آیت‌الله خامنه‌ای (که آن زمان رئیس جمهور بودند) بودم.
این مبارز انقلابی با ذکر برخی دیگر از مواضع موسوی‌خوئینی‌ها در زمان حیات امام(ره) تصریح کرد: حضرت امام(ره) از ته دل از اینها ناراحت بودند چرا که اینها خیانت کردند. روزنامه سلام را اگر بگیری می‌بینی که جگر انقلاب را خون کرد و کمر انقلاب را شکست حال چگونه می‌خواهد از خودش دفاع کند.
حجت‌الاسلام شجونی تصریح کرد: در این انقلاب دو نفر فتنه‌اند یکی موسوی‌خوئینی‌ها و دیگری بهزاد نبوی و تشکیلات نظام باید به حساب اینها برسد و اگر چنین اتفاقی نیفتد من اسم آنها را شاه سلطان حسین خواهم گذاشت.