به گزارش خبرنگار «خبرنامه دانشجویان ایران»؛ 31 اردیبهشت ماه 94 هاشمی رفسنجانی در مراسم سالگرد تاسیس دانشگاه آزاد به صراحت از شورای عالی انقلاب فرهنگی و نظارت قانونی اش بر روند انتخاب روسای دانشگاه ها انتقاد کرد و آن را دخالت نامید و گفت: برای تعیین یک رئیس دانشگاه باید زمان زیادی را در راهروهای شورا منتظر باشیم، البته شورا باید نظارت داشته باشد ولی دخالت اینگونه نکند.
آیین نامه انضباطی دانشجویان در سال 74 در شورای عالی انقلاب فرهنگی تحت ریاست هاشمی رفسنجانی تصویب شد.
این انتقاد رئیس مجمع تشخیص نشانه ای بود که وی از روند نظارتی شورای عالی انقلاب فرهنگی بر تغییرات اتوبوسی در سطح ریاستی دانشگاه رضایت ندارد.
کمتر کسی فکر می کرد یک هفته از حرف های هاشمی نگذشته طرح هایی به شورای عالی انقلاب فرهنگی برسد که انتخاب رئیس دانشگاه را به صورت علنی از محدوده قانونی فعالیت های شورا به شخص رئیس جمهور تفویض کند.
گرچه شورای عالی انقلاب فرهنگی و اعضای سرشانسش با بعضی رفتارهای دولت و شخص رئیس جمهور مخالف هستند و کار در بعضی جلسات به جدال لفطی و حتی قهر و خروج روحانی از جلسه می کشید اما خط دهی هاشمی رفسنجانی را درطرح هایی که امشب قرار است در شورا مطرح شود به وضوح می شود، دید.
8 ماه قبل هم هاشمی رفسنجانی به عنوان رئیس هیئت امنای دانشگاه آزاد طی نامه‌ای به روحانی خواستار عدم دخالت شورا در انتخاب اعضای حقیقی هیئت امنای دانشگاه آزاد و معرفی هر 3 نفر عضو حقیقی صرفا توسط هیئت موسس دانشگاه آزاد شد.
هاشمی با فرهاد دانشجو که مورد تایید شورای عالی انقلاب فرهنگی بود، رابطه خوبی نداشت. دانشجو جانشین جاسبی شده بود.
رای نیاوردن درخواست رئیس هیئت امنای دانشگاه آزاد درباره انتخاب اعضای حقیقی هیئت امنای دانشگاه آزاد حتی با تلاش هایی که 2 تن از نزدیکان به هاشمی در صحن شورای عالی انقلاب فرهنگی انجام دادند، باعث شد تا مشورت یا دستوری مبنی بر محدود کردن وظایف قانونی شورای عالی انقلاب فرهنگی در قالب 2 طرحی که قرار است امشب مطرح شود صادر شود.
دخالت صریح هاشمی رفسنجانی در فعالیت ها و نطرات دولت که از کنار هم چیدن پازل های فوق به وضوح دیده می شود در حالی صورت می گیرد که رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام در خصوص رابطه اش با دولت در گفت‌وگو با روزنامه آساهی ژاپن که تیرماه 93 منتشر شده است می گوید: من هم اگر پیشنهاد و تذکری داشته باشم، با ایشان مطرح می کنم. البته خودشان صلاحیت دارند و بخوبی می توانند دولت را اداره کنند. البته مایل نیستم در کارهای مربوط به ایشان و دولت دخالت کنم.
بعضی کارشناسان سیاسی بر این باورند که هاشمی رفسنجانی نقش مهمی در مکالمه تلفنی روحانی و اوباما داشته است.