متن کامل این پیام به این شرح است:
رحلت عالم گرانقدر، سرباز ولایتمدار انقلاب و مجاهد فی سبیل الله، حجت الاسلام و المسلمین جعفر شجونی را به عموم ملت انقلابی ایران اسلامی، خاصه جامعه روحانیت مبارز و خانواده آن مرحوم تسلیت عرض نموده و برای دوستداران ایشان از درگاه ایزد منان صبر جزیل مسئلت می نماییم.
ان شاء الله راه آن بزرگ مرد و مبارز انقلابی، توسط انقلابیون و دوستداران ایشان دنبال گردد و بصیرت وی الگویی برای ولایتمداران باشد. از خداوند متعال برای آن مرحوم علو درجات را خواستاریم.
دفتر تحکیم وحدت
همچنین اتحادیه انجمن های اسلامی دانشجویان مستقل نیز پیامی به همین مناسبت منتشر کرد:
بسم الله الرحمن الرحیم
فوت مجاهد بی ریای انقلاب اسلامی مرحوم حجه الاسلام والمسلمین جعفر شجونی برای انانکه از روحیه ی انقلابی گری صادقانه این روحانی مبارز آگاهی داشتند ، باعث تاثر فراوان شد.
بدون شک جوانان این سرزمین بخشی از شناخت خود از انقلاب اسلامی و افکار و اندیشه ها امام بزرگوار(ره) را از ایشان دریافت کرده اند و آنچه از ایشان به یادگار مانده است، پایبندی به اندیشه های ناب امام راحل و پیروی آموزنده و همیشگی از رهبر معظم انقلاب اسلامی است.
ایشان با وجود حضور پررنگ در حوادث قبل و بعد از انقلاب اسلامی و تحمل رنج و سختی فراوان ، هرگز امام و انقلاب را مطابق میل خود و در نقطه ی مقابل واقعیت تفسیر نکرد و همواره در مقابل تلاش های عده ای برای تحریف اندیشه های امام راحل ایستادگی نمود.
اتحادیه ی انجمن های اسلامی دانشجویان مستقل، ضمن عرض تسلیت محضر رهبر انقلاب اسلامی و ملت شریف ایران، از درگاه ایزد منان برای ایشان رحمت و مغفرت و برای خانواده محترم و بازماندگان صبر مسئلت می نماید.
روابط عمومی اتحادیه انجمن های اسلامی دانشجویان مستقل دانشگاه های سراسر کشور