به گزارش «خبرنامه دانشجویان ایران» به نقل از جهان نیوز، عرفات اولین مقام خارجی است که چند روز بعد از انقلاب به ایران می‌آید. او همراه با ابراهیم‌یزدی و حاج‌احمد خمینی در ساختمانی که زمان رژیم‌شاه، سفارت اسرائیل بوده و بعدا می‌شود سفارت فلسطین حضور پیدا می‌کند و این عکس معروف از آن روز ثبت می‌شود و جزو معدود عکسهایی است که ابراهیم یزدی پرستیژ انقلابی دارد و با مرحوم احمدآقا در یک قاب است. هربار هم به بهانه‌های مختلف بازنشر می‌شود، از جمله پس از فوت ابراهیم یزدی.
اما سیداحمد خمینی و ابراهیم یزدی ماجرای دیگری هم دارند و آن محکوم شدن ابراهیم یزدی در دادگاه به خاطر تهمت جعل دستخط امام توسط سیداحمد خمینی در نامه معروف امام درباره نهضت آزادی (بهمن 66) است.
پس از انتشار متن نامه و تصویر دستخط امام در ماهنامه پاسدار اسلام در دی ماه 1368، نهضت آزادی بلافاصله مدعی شد که این نامه جعلی است و تلویحاً مرحوم حاج احمدآقا را متهم به جعل نامه نمود و به قوه قضائیه در این باره شکایت کرد. با پیگری حاج‌احمدآقا اصل دستخط امام در اختیار قوه قضائیه قرار گرفت و چند کارشناس خبره خط شناس دادگستری مأمور بررسی و اعلام نظر کارشناسی شدند.
علی اکبرمحتشمی پور در گفتگو با اولین شماره از نشریه «یادآور» در سال 87 این مساله را توضیح می دهد: «متأسفانه اینها بهدلیل سلطهای که در دوره دولت موقت پیدا کردند، حتی در قوه قضاییه هم نفوذ پیدا کرده بودند و لذا رسیدگی به این پرونده را چندین بار به تعویق انداختند. بهطوری که بالاخره مرحوم حاج احمد آقا، شخصا به دفتر آقای یزدی رفت و گفت که چرا به پرونده رسیدگی نمیکنید؟ پرونده را که آوردند، معلوم شد که سه برگ آن از جمله ورقه کارشناسی تأیید خط مفقود شده است.
عوامل آنها در قوه قضاییه جمهوری اسلامی میدانستند که اگر پرونده نهضت آزادی رو شود، دیگر چیزی برایش باقی نمیماند!
به هر حال با پیگیری مرحوم حاج احمدآقا، پرونده دنبال شد و آقای دکتر یزدی چون تهمت زده بود، محکوم به شلاق شد. اینها به دست و پا افتادند که حکم اجرا نشود، چون در آن شرایط، بدترین وضعیتی که برای نهضتیها پیش میآمد، این بود که یزدی را بخوابانند و شلاق بزنند! اینطور بود که مرحوم حاج احمد آقا رضایت داد که این حکم را اجرا نکنند.»