به گزارش خبرنگار «خبرنامه دانشجویان ایران»؛ عملیات مهم سازمان مجاهدین خلق برای روز هفتم تیر طراحی شده بود، بنا بود با انفجار در حزب جمهوری بخش زیادی از مسئولین مهم کشور را از بین ببرند. یکی از اعضای آن جلسه حجت‌الاسلام خامنه‌ای بود. اما اتفاق ششم تیر اجازه نداد ایشان به جلسه‌ی فردا برسد.
هرچند در آن زمان مشهور شد که ترور آقای خامنه‌ای از ترورهای سازمان مجاهدین خلق است اما بعدا مشخص شد کار گروه فرقان بوده است.
6تیر جمعیت زیادی در مسجد ابوذر بودند. در جامعه شایعات زیادی علیه دکتر بهشتی و رهبران حزب جمهوری مطرح بود که سوال‌های جلسه پیرامون آن بود؛ تند و گزنده. آقای خامنه‌ای یک‌به‌یک جواب داد. در میان صحبت‌ها ضبط‌صوت بزرگی دست‌به‌دست تا جلوی تریبون آمد، همه گمان کردند ضبط مسجد است. ضبط‌صوت سمت چپ آقا بود که یکی نگاهی به آن انداخت و کمی با فاصله سمت راست گذاشت. مدتی بعد بلندگو به سر و صدا افتاد. آقای خامنه‌ای برگشت به سمت پشت منبر و گفت این صدا را درست کنید یا اصلا خاموش کنید. هم‌زمان از میکروفون و ضبط روی میز فاصله گرفت تا شاید صدا درست شود، ناگهان انفجار شدیدی تمام مسجد را به لرزه درآورد.
پیکر مجروح آقای خامنه‌ای را ابتدا به بیمارستان بهارلو بردند و یک عمل جراحی فوری آن‌جا انجام شد؛ «جراحت خیلی سنگین بود، سمت راست بدن پر از ترکش و قطعات ضبط‌صوت بود، حتی یکی از ترکش‌ها زیر گلوی آقا جا خوش کرده بود. قسمتی از سینه ایشان کاملا سوخته بود! یکی دو تا از دنده‌ها هم شکسته بود. دست راست هم کاملا از کار افتاده بود و از شدت ضربه ورم کرده بود. استخوان‌های کتف و سینه کاملا دیده می‌شد.»
همسر آقای خامنه‌ای تعریف می‌کند: «از دم در بیمارستان صدای جمعیت می‌آمد که فریاد می‌زدند مرگ بر آمریکا و مرگ بر منافق. سر و صدای مردم مانع کار پزشکان بود.»
پزشکان تصمیم گرفتند مجروح را به بیمارستان قلب منتقل کنند. تصویر پایین مربوط به همان روز است که برانکاردی در پارچه سفید پیچیده، داخل بالگرد منتقل می‌شود. جالب است بدانید آقای خامنه‌ای در این برانکارد نیست. خبر انفجار که رسیده بود مردم زیادی به بیمارستان بهارلو آمده بودند که انتقال مجروح را سخت می‌کرد. ابتدا یک بالگرد آمد و یک برانکارد نمادین را با خودش برد(همین تصویر) بعد که جمعیت پراکنده شدند بدون دردسر آقای خامنه‌ای را به بیمارستان قلب منتقل کردند. خانم خجسته همسر آقای خامنه‌ای این ماجرا را درمصاحبه با روزنامه جمهوری اسلامی منتشر‌شده در ٥تیر62 شرح داده است.
آثار جراحت ایشان یک‌به‌یک رو به به بهبودی رفت اما درد شدید دست تا سال‌ها همراه اوست. راه‌های مختلفی برای درمان درد دست ایشان انجام شده است. یکی از جالب‌ترین‌هایش طب سوزنی توسط خانم دکتر لی از کره جنوبی است. خانم دکتر لی که در بیمارستان شهدای تجریش کار می‌کرد گفته بود می‌تواند با طب سوزنی درد را آرام کند.
30دی60 هاشمی رفسنجانی یکی از جلسات طب سوزنی را شاهد بود و در خاطرات این روز نوشته است: «منظره سوزن‌گذاردن را تماشا کردم. تقربیا سى سوزن در دست‌ها و پاها و کتف‌های ایشان فرو کرد و مدت 8 دقیقه به همان حال گذشت. مدعى است که ظرف 10روز درد می‌خوابد و ظرف 9ماه خوب می‌شود. آقاى خامنه‌ای می‌گویند در این 5روز که کار کرده، درد تخفیف یافته.»
