حجت الاسلام دکتر عبدالحسین خسروپناه در یادداشتی به نقد این دیدگاه پرداخته و می نویسد:
وقتی از علوم انسانی اسلامی سخن گفته می‌شود به معنای تعارض کلی با علوم انسانی مدرن نیست چون جامعه مدرن، تعارض کلی با جامعه اسلامی ندارد و مشترکات و افتراقاتی بین آنها برقرار است.
مخالفان علم دینی گمان می‌کنند قرار است هر پرسش علمی را از قرآن و سنت دریافت کرد و عقل و تجربه را تعطیل ساخت و حال آنکه عقل و تجربه از مهم‌ترین منابع علم دینی هستند.
یکی از منشاهای مخالفت با علم دینی، گرایش جوامع دینی به نیازهای دنیای مدرن و تعارض صددرصد نیازهای مدرن با نیازهای اسلامی است؛ در حالی که هم نیازهای مشترک بین دنیای مدرن و جهان اسلام هست و هم روش پاسخگویی به نیازهای مدرن در اسلام وجود دارد.
برخی به جهت اینکه علم یافتنی است نه ساختنی با طرح علم دینی مخالفت می‌کنند لکن باید توجه داشت که علم یافتنی و در عین حال مدیریت‌پذیر و قابلیت سیاستگذاری است. همان‌گونه که علم مدرن در دنیا مدیریت می‌شود.
مدیریت علم در دنیای مدرن قبل و پس از جنگ جهانی دوم تفاوت دارد. این تفاوت باعث شد که رویکرد نظریه‌پردازی در قبل، بیشتر و رویکرد کاربرد علم در بعد، بیشتر بوده است.
عجیب است که ذهن ثنویت‌گرایی برخی باعث شده که علم را یافتنی یا ساختگی تصور کنند و اولی را پذیرفته و دومی را نفی سازند؛ در حالی که با مطالعه تاریخ علم می‌توان به نقش اراده در مدیریت دانش پی برد و دانش را یافتن مبتنی‌بر ساختن دانست.
اگر علم مهندسی‌پذیر نیست پس نقشه جامع علمی کشور که توسط اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی تدوین شد و سیاستگذاری علم و فناوری در کشورهای توسعه یافته، بی‌معناست اما باید توجه داشت که سیاستگذاری علم و فناوری نه‌تنها بی‌معنا نیست که زاییده عقلانیت نخبگانی است.
توصیه بنده به مخالفان علم دینی این است که در انکار این دیدگاه عجله نکنند و در تحقق تفاهم آن تلاش کنند. دیدگاه‌های علم دینی با دقت مطالعه شود و از تلاش نه‌تنها سی ساله بلکه حدود هشت دهه متفکران جهان اسلام مانند فاروقی و عطاس و نصر و گلشتی و جوادی‌آملی آگاهی یابند.
گاهی برای نفی علم دینی به بی‌نتیجه بودن آن در 30 سال اخیر تمسک می‌شود. حال باید پرسید مقصود از بی‌نتیجه بودن چیست؟ آیا مقصود، بی‌دلیل بودن ادعای علم دینی است که هذا اول‌الکلام بل بی‌دلیل خواندن علم دینی فاقد دلیل است.
اگر مقصود از بی‌نتیجه بودن علم دینی یعنی بی‌توجهی نخبگان علمی بدان است که کاملا ناصحیح است، چون نخبگان متعددی از حوزه و دانشگاه هم باور به علم دینی دارند و هم تحقیقات متنوعی در حوزه علوم انسانی و پزشکی با این رویکرد نگاشته‌اند.
اگر مقصود از بی‌نتیجه بودن علم دینی این است که هنوز تئوری‌های علم دینی در جامعه کاربردی نیافته است پاسخ می‌دهیم آیا دلیل بر حقانیت یک ادعا، کاربرد آن است؟ آیا جریان‌های فکری متعدد در ایران که سال‌هاست مطرح و فاقد کاربردند؛ باید بی‌نتیجه خواند.
برخی معتقد به جبر اجتماعی و تاریخی و استحاله تغییر جامعه مدرن هستند و از این‌رو علم دینی را بی‌فایده می‌دانند و لکن انقلاب اسلامی نشان داد که تغییر ممکن است و نیز تاریخ علم و جامعه از سیر تغییر تدریجی علم و جامعه خبر می‌دهد.
