به گزارش «خبرنامه دانشجویان ایران» به نقل از تسنیم؛ محمدعلی رجایی یکی از سخت‌ترین فشارها و شکنجه‌های اعمال شده بر زندانیان سیاسی را تحمل کرد. مقاومت و پایداری او بیش از همه ناشی از ایمان و اعتقاد خلل‌ناپذیرش به خداوند بود. با تأمل در اعمال و رفتار رجایی در زندان، این واقعیت ثابت می‌شود که همه وجود او مملؤ از ایمانِ استوار به خدا بود.
در ادامه برشی از کتاب «زندگی‌نامه سیاسی شهید رجایی» که توسط مؤسسه فرهنگی هنری مرکز اسناد انقلاب اسلامی چاپ و منتشر شده است را می‌خوانیم که در آن استقامت و تحمل شکنجه‌های طاقت‌فرسا توسط محمدعلی رجایی در زندان‌های ساواک روایت می‌شود:
14 ماه اول حبس محمدعلی رجایی همراه با شکنجه‌های مداوم و طاقت‌فرسا بود؛ در بقیه مدت هم به مناسبت‌های مختلف شکنجه می‌شد..
رجایی در تحلیل زمینه‌های روحی و معنوی مقاومتش می‌گوید: «قبل از ورود به اتاق شکنجه، پیوسته دل به خدا می‌سپردم. آیاتی از قرآن را تلاوت می‌کردم و وجودم یکپارچه از مقاومت بود. این‌گونه بود که شلاق‌ها، شکنجه‌ها و ضربات مشت و لگد تدریجاً بر بدنم بی‌خاصیت می‌شد. روزهایی بر من چنین گذشت و من بر همه‌ی آنها آن‌چنان عادت کرده بودم که اگر روزی به سراغم نمی‌آمدند، آن روز را زیاده می‌پنداشتم.»
غلامرضا شافعی که مدتی کوتاه با رجایی هم‌سلول و هم‌زندان بوده بخشی از شکنجه‌هایی را که دیده تعریف کرده است و می‌گوید: «علاوه بر شکنجه‌ها، ناخن‌های رجایی را کشیدند، دندان‌هایش را شکستند و ...» با تجسم و فهم صحیح این صحنه‌هاست که می‌توان به عمق ایمان رجایی و امثال او پی‌برد و این نکته را دانست که ابتلاء و امتحان الهی تا چه حد می‌تواند ساده یا سخت باشد. او که دنبال رضای خدا بود، کلمه‌ای که موجب اضرار دیگران و ناخشنودی پروردگار بود بر زبان نیاورد.
محمدحسین رجایی به نقل از برادرش (محمدعلی رجایی) نقل می‌کند: «وقتی ما را برای بازجویی و شکنجه می‌بردند خیلی خوشحال بودیم. ایشان می‌گفت بهترین اوقات عمر آدم این است که او را برای بازجویی و شکنجه ببرند و کابل بزنند، به هیچ چیز اعتراف نکند، تسلیم بازجوها نشود و استقامت کند. این خوشحالی در آن موقع از آن جهت است که انسان احساس می‌کند بر بازجوها غلبه کرده و پیروز شده است.»
بسیاری از مبارزین و فعالان سیاسی دوران قبل از انقلاب که سابقه فعالیت سیاسی و همکاری با رجایی داشته‌اند، خودشان اذعان کرده‌اند که اگر رجایی کمترین اعترافی در مورد فعالیت‌شان می‌کرد، جزء اعدامی‌ها بودند. مهدی غیوران یکی از این مبارزین است. او در خاطراتش می‌گوید: «رجایی انواع شکنجه‌ها را تحمل کرد و اسمی از من نبرد و من با اطمینانی که از ایمان و مقاومت او داشتم با خیال راحت به فعالیت‌های سیاسی پنهانی خود ادامه می‌دادم. حتی چندین بار به آلمان، فرانسه و لبنان مسافرت کردم و برگشتم و پس از دستگیری من نیز رجایی اسمی از من به میان نیاورد.»
مبارزِ همرزم دیگر رجایی، هاشمی رفسنجانی است که در خطبه های نماز جمعه گفت: «من پیش رجایی اسراری داشتم که اگر فاش می‌کرد، مرا اعدام می‌کردند.»
