محسن آرمین که یکی از فعالان اصلی سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی تا پیش از جدایی در سال 61 بود می‌گوید در آن ایام اعضای سازمان به سپاه پاسداران انقلاب اسلامی برای مقابله با منافقان پیوستند.
آرمین می‌گوید فعالیت‌های اعضای سازمان در سپاه به صورت پیمانی بوده است. اما سردار نجات، عضو گروه منصورون، یکی از هفت گروه اصلی تشکیل‌دهنده سازمان، روایتی متفاوت از این ماجرا دارد. او می‌گوید در همان ایام آرمین نقشی بیش از یک کارمند پیمانی در سپاه داشته است. سردار نجات می‌گوید در بند 209 زندان اوین که به منافقان و تروریست‌ها اختصاص دارد آرمین، بازجو بوده است.
اختلافاتی که اشاره شد کمی بیشتر از پیمانی یا رسمی بودن اعضای سازمان در سپاه است. ماجرا به اختلاف اعضای سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی که ریشه در عقاید التقاطی منافقان داشت بر می‌گردد که در نهایت به جدایی شاخه چپ این سازمان در سال 61 و تشکیل سازمانی مشابه در سال 70 با نام «مجاهدین انقلاب اسلامی ایران» ختم می‌شود.
در این ارتباط، نجات در مصاحبه اخیر خود تعریضی به اختلافات سابق زده و می‌گوید: «اگر کسی امروز آن {بازجو بودن} را انکار می‌کند می‌خواهد بگوید من مخالف برخورد با منافقان بودم!»
همزمان با تشکیل سازمان با توجه به تشتت گروه‌های تشکیل‌دهنده اختلافات درونی جدی شد. انتشار اطلاعیه به مناسبت روز کارگر که بیشتر مورد توجه گروه‌های مارکسیستی و التقاطی بود و انتشار بیانیه به مناسبت درگذشت دکترعلی شریعتی که برخی اندیشه‌های او را التقاطی می‌دانستند موجب بروز اختلاف شد.
بخش دیگری از اختلاف نیز به حضور نماینده امام(ره) در این سازمان بر می‌گشت. جریان چپ قائل به ارجحیت نظر حزبی به نظر فقهی بودند و در عمل نظرات آیت‌الله راستی را نپذیرفتند. این گروه شامل بهزاد نبوی، محسن آرمین، مصطفی تاج‌زاده، هاشم آغاجری و محمد سلامتی می‌شد.
بازجو بودن یا نبودن مساله این نیست!
اما ماجرای بازجو بودن یا نبودن محسن آرمین، عضو با گرایش چپ سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی ابعادی وسیع‌تری پیدا کرده است. مساله امروز به بازجوی خوب و بازجوی بد تبدیل شده است. گفته می‌شد برخی از اعضای سازمان مجاهدین که در آن ایام به کمک سپاه رفتند، با پیش‌فرض‌های ذهنی‌ای که از ساواک و رفتارهای خشونت‌آمیزی که از آن ایام به خاطر داشتند با مسائلی مواجه می‌شدند.
دامنه این خشونت آن‌طور که مصطفی تاج‌زاده می‌گوید به داخل سازمان نیز کشیده شده بود. مصطفی تاج‌زاده، عضو گروه فلق، متشکل از دانشجویان مذهبی خارج از کشور که در آستانه انقلاب به ایران برگشتند و به سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی پیوستند، بود.
او در مصاحبه‌ای که با «اندیشه پویا» شماره 46 ویژه آبان‌ماه انجام داده است به جرائم داخلی سازمان چون شلاق خوردن اشاره می‌کند: «تا سال ۶۰ شیوه‌های تنبیهی را در سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی داشتیم. مثلا اگر کار خلافی کرده بودیم، شلاق می‌خوردیم. پنج یا ۱۰ ضربه. چندبار شلاق خوردم که دلایلش یادم نیست.»
تاج‌زاده در این مصاحبه می‌گوید هیچ‌گاه به اوین و دادستانی نرفته و هیچ‌گاه اطلاعاتی یا نظامی نبوده است و در بخش دیگری از این مصاحبه به اقدام ضربتی و غیرقانونی خود علیه چاپخانه‌های تهران و حزب توده اشاره می‌کند.
آن‌طور که حسین فرحبخش کارگردان سینما می‌گوید این رفتارها به وزارت ارشاد دهه 60 نیز سرایت کرده است. این تهیه‌کننده سینما می‌گوید: «فیض‌الله عرب سرخی، مدیرکل حراست وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی وقت با عبدالله علیخانی دیگر تهیه‌کننده سینما برخورد فیزیکی داشته است و او را به خاطر حضور جمشید هاشم‌پور در فیلمش فلک کرده و شلاق زده است.
عرب سرخی عضو شورای مرکزی سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی ایران است. هرچند عرب‌سرخی با انتشار متنی در اینستاگرام خود این مساله را منکر شد اما پس از چند ساعت آن را از صفحه‌اش پاک کرد. فرحبخش نیز با انتشار فایل صوتی گفت: «آقای عرب سرخی افتخارشان این است که شبانه به دفاتر فیلم ریختند، فیلم‌ها را قلع و قمع کردند و آرشیو مملکت را بردند. تا وقتی عرب‌سرخی توبه نکند، ما کوتاه نمی‌آییم.»
عزت‌الله سحابی نیز در جلد دوم خاطرات خود به موضوع بازداشت 6 ماهه خود در سال 1369 به دلیل نگارش نامه انتقادی 99 نفر به رئیس‌جمهور وقت اشاره می‌کند و خاطراتی را از دوره بازداشت و بازجویی‌های خود نقل می‌کند.
او هنگام اشاره به بازجویی‌هایش می‌نویسد: «به یاد دارم آقای احمد پورنجاتی را در میان بازجویان شناختم.» پورنجاتی که نامش در کنار آرمین در لیست عوامل اعدامی‌های دهه 60 سازمان منافقین قرار دارد اما ناگفته‌های دیگری هم دارد.
پورنجاتی که خود از سال ۱۳۶۵ به مدت دو سال در بخش بررسی فرهنگی، اجتماعی وزارت اطلاعات به‌عنوان مدیرکل فعالیت می‌کرد چند سال پیش در مصاحبه‌ای با روزنامه اصلاح‌طلب اعتماد به برخی سوابق امنیتی افرادی ازجمله آرمین اشاره می‌کند: «تمام افراد اصلاح‌طلبی که الان شما حتی به‌عنوان تئوریسین اصلاحات می‌شناسید در شکل‌دهی سازمان‌های امنیتی و اطلاعاتی و نظامی کشور نقش داشته‌اند. آقای حجاریان تئوریسین دیروز و امروز اصلاحات ماست و بسیار هم عزیز است. ایشان در دفتر اطلاعات و تحقیقات نخست‌وزیری بوده است که کار اطلاعاتی می‌کرد و در شکل‌گیری وزارت اطلاعات حضور داشت. محسن آرمین و بهزاد نبوی سپاهی بودند. مصطفی تاج‌زاده هم مدیرکل بخش فرهنگی بود اما کار ممیزی انجام می‌داد.»
